莫力达瓦达斡尔族自治旗(以下简称莫旗),商、周、春秋、战国时期,属豸岁貊族系生活地区,秦、汉、三国时期为夫余人属地,南北朝时期是北魏所属乌洛候人居住地,隋、唐代属室韦,辽代属上京道、东京道,金代属上京路,元代属辽阳行省开元路,明代先属福余卫,后归奴儿干都司辖。
清康熙二十八年(1689),设布特哈总管衙门,管理该地区事务。光绪三十二年(1906),以嫩江为界分设东、西布特哈,本旗为西布特哈。民国四年(1915),西布特哈地区筹建布西设治局,总管公署与设治局并存,由总管兼理政务。民国十四年(1925),将布西设治局址与总管公署迁至尼尔基街。1932年成立伪满洲国傀儡政权,改布西设治局为莫力达瓦旗。
1946年1月解放,成立布西旗,归嫩江省二行署管辖。同年3月又改称莫力达瓦旗,划归纳文慕仁盟管辖。1949年4月,将巴彦旗并入莫力达瓦旗。1958年8月15日,经国务院批准成立了莫力达瓦达斡尔族自治旗,实现了民族区域自治,归内蒙古呼伦贝尔盟管辖。1969年4月,划归黑龙江省大兴安岭地区领导。1979年7月,划归内蒙古自治区,归呼伦贝尔市管辖至今。